Lokale Legenden bringen den Platz der St. Thomas-Kirche mit dem Heiligen Florentius in Verbindung (+ 677), der hier eine erste Kirche gegründet haben soll. Im 9. Jahrhundert ist ein Benediktinerstift bezeugt, das unter Bichof Adeloch aufblühte. Ein Brand legte die Gebäude im 11. Jahrhundert in Schutt und Asche, wonach im 12. Jahrhundert mit dem Bau der heutigen Kirche als Ort eines weltlichen Herrenstifts begonnen wurde.

Ältester Teil der Kirche ist die Blasiuskapelle nördlich des Chors (12. Jh.), das massige Westwerk, 1196 begonnen, atmet noch romanischen Geist. Das Langhaus wurde am Ende des 13. Jahrhundets erbaut und erhielt um 1330 zwei zusätzliche Seitenschiffe.

1536 wurde seitens der Stadt Straßburg eine Schule in den Gebäuden des Kapitels eingerichtet, die Professoren erhielten Stiftsstellen. Diese traten 1549 zum lutherischen Glauben über.

Unter den zahlreichen Grabmälern der Kirche stechen besonders der Sarkophag des Bischofs Adeloch aus dem 12. Jahrhundert und das Grabmal für den französischen Feldherrn Marschall Moritz von Sachsen (+1750), ein 1776 vollendetes Werk von J.-B. Pigalle.

Albert Schweitzer veranstaltete hier Konzerte zum Gedenken an Johann Sebastian Bach und spielete auch selbst auf der Silbermann-Orgel aus dem 18. Jahrhundert.

 
Das Westwerk wurde 1196 begonnen und ist ein massiger Bau in romanischer Tradition, wie sich besonders an den langgezogenen, nach außen abgeschrägten Fenstern der ersten Geschosse und in der Zwerggalerie der Nordseite zeigt. Die große Fensterrose ist eine Kopie der Rose vom südlichen Münsterquerschiff und bezeichnet den Baufortschritt um 1235. Erst die Turmgeschosse sind in gotischem Stil erbaut.

Der Blendbogen über dem Eingangsportal übergriff ehemals eine offene romanische Vorhalle mit dem eigentlichen Portal der Kirche.

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